Zakład Fizyki Statystycznej
kierownik: prof. Ewa Gudowska-Nowak
Zakład Optyki Atomowej
kierownik: prof. Jakub Zakrzewski
Zakład Teorii Cząstek
kierownik: prof. Michał Praszałowicz
Zakład Teorii Pola
kierownik: prof. Andrzej Sitarz
Zakład Teorii Względności i Astrofizyki
kierownik: prof. Patryk Mach
Zakład Teorii Materii Skondensowanej i Nanofizyki
kierownik: prof. Adam Rycerz
Zakład Teorii Układów Złożonych
kierownik: prof. Maciej A. Nowak
Zakład Kwantowej Teorii Wielu Ciał
kierownik: prof. Andrzej M. Oleś
Centrum Badań Układów Złożonych im. Marka Kaca
kierownik: prof. Maciej A. Nowak